解放战争时他中途改任政委显得特别指挥两次大
从他的履历看，自抗战结束后，他率部挺进东北，解放战争时期先后担任7纵司令员，1纵司令员、政委、5纵司令员（42军军长）、特种纵队司令员等职。
在4年的时间中，他当过4个纵队司令员。其实，最能引起注意的是，他还担任过1年时间纵队政委。
1947年4月林总找万毅谈线纵司令员进行调整，准备调李天佑到纵队指挥打仗，到二线年，是解放战争最为关键的一年，全国战场形势从被动转为主动。为消灭敌人有生力量，需要能打硬仗的指挥员。他想留下工作，在纵队其他领导建议下，改任1纵政委。
1947年，总部展开夏季攻势，1纵与2纵配合作战，攻克怀德，又向辽南进发，解放公主岭、开原、昌图，直逼四平城以南地区，与南满部队会师，让东西南北满连成一片，而四平城处于部队的包围之中。
为此，四平攻坚战就是在这样的背景下，开始酝酿，并展开第一次大规模兵团化作战。
三战四平，东总调集1纵、7纵、通化特产6纵一部等7个师攻城，让李天佑、万毅统一指挥。三战四平不是解放军第一次大规模打城市攻坚战，在此之前，6纵司令员4个师打过德惠城，这才打四平，调集7个师，兵力和炮火配备都是前所未有的。
根据总部的情报，李天佑与万毅开始部署作战计划，大战开始后，因敌人兵力与实际掌握有出入，造成被动。加上攻城经验不足，对敌人抗击估计不足，尽管四平城已经被攻占五分之四，可敌人援兵增援，避免不必要伤亡而撤围。三战四平为部队积累了攻城经验。
四平城的解放，斩断了沈阳与长春之间的联系，让长春陷入孤立包围中。使得我军在东北战场的主动权大大加强
一指挥两次大兵团作战，四平攻坚战、通化特产四平收复战等，万毅在战术、通化特产战法上得到历练。
9月，5纵奉命堵截长春可能突围难逃的敌人，阻击沈阳可能北上的接应的敌人，歼敌2800余人。辽沈战役打响后，5纵奉命阻击、牵制廖耀湘兵团，在战斗中，歼敌12800余人，取得不错战绩。
辽沈战役结束后，他与大部队入关，参加平津战役。后5纵改编为42军，部队准备南下作战，他调任特种兵纵队司令员等职。